在进行科技保险模式创新的同时还应结合科技保险有效推行的运行机制进行研究，以满足不同层次高科技企业的需求，并有效提升其科技创新的积极性。由于科技活动和与之相关风险的特殊性，现阶段我国科技保险推行工作应采取“政府引导、商业化运作”的形式嗍。
总体上看，政府对科技保险的激励政策主要有两个方面：
在推动科技保险运行方面，急需解决的是因政府财政补贴资金有限，而引起的“僧多粥少”问题。面对该问题，各科技保险试点城市可结合自身特点，采用分类定率、逐批递减和总额控制的手段对企业进行合理财政补贴，力求使参与科技保险的企业达到效用最大化。分类定率即有意识地将部分科技保险险种的补贴标准提高，使之得以重点推行。例如，对高新技术企业产品研发责任保险、关键研发设备保险、营业中断保险的补贴标准可略高于出口信用保险、高管人员和关键研发人员团体健康保险和意外保险的补贴标准，促进企业在科技研发过程中的技术投入。逐批递减即根据各单位申请情况，试点期间分批审批科技保险费用补贴资金，补贴比率按批次递减，各保险产品的首单，原则上给予最高比率的科技保险费补贴。总额控制即根据科技企业投保年份上一年的高新技术产业产值规模控制补贴资金最高限额。
